Im Zuge der Inbetriebnahme von Stuttgart 21 wird die Gäubahn von und nach Singen sowie Zürich im Stuttgarter Stadtgebiet unterbrochen werden. Nach aktuellem Stand wird dies Mitte 2026 der Fall sein. Bis zur Inbetriebnahme des geplanten Pfaffensteigtunnels zur Verbindung der Gäubahn mit dem Flughafen und dem neuen Hauptbahnhof werden die Züge in Stuttgart-Vaihingen enden und starten. Die Fahrgäste müssen zum Hauptbahnhof auf die Stadtbahn und die S-Bahn umsteigen. Während der Unterbrechung plant das Land ein verbessertes Zugangebot auf der Gäubahn und einigen Zulaufstrecken.
Verkehrsminister Winfried Hermann stellte das Kompensationspaket am Freitag in Rottweil vor. Er sagte: „Die Fahrgäste werden als Ausgleich für die Kappung der Gäubahn und den Umstieg in Stuttgart-Vaihingen deutlich bessere Angebote auf der Strecke zwischen Stuttgart und Singen bekommen. Zugleich appelliere ich an Bund und Bahn, die Planung und den Bau des Pfaffensteigtunnels zügig voranzutreiben und die Finanzierung abzusichern. Denn die Gäubahn ist nicht nur für den regionalen Schienenverkehr, sondern auch als internationale Nord-Süd-Verbindung von großer Bedeutung.“
Die DB Projekt Stuttgart–Ulm GmbH hat am 5. April die Planfeststellungsunterlagen für den Bau des Pfaffensteigtunnels beim Eisenbahn-Bundesamt eingereicht. Damit ist die Grundlage gelegt, um die Gäubahn künftig über einen rund elf Kilometer langen Tunnel zum Stuttgarter Flughafen zu führen und somit an den neuen Stuttgarter Bahnknoten anzubinden. Der Pfaffensteigtunnel ermöglicht Fahrgästen den Deutschlandtakt auf der Gäubahn und eine rund 15 Minuten kürzere Reisezeit zwischen Stuttgart und Zürich.